Setelah Kabupaten Boalemo memekarkan diri dari Kabupaten Gorontalo, bidang Kelautan dan Perikanan merupakan sub bidang pada Dinas Pertanian sejak Kabupaten Boalemo terbentuk pada tahun 1999 hingga tahun 2002.
Berdasarkan perkembangan pemerintahan dan kebutuhan daerah dalam bidang perikanan merupakan salah satu sektor unggulan dan layak menjadi salah satu orhanisasi pemerintah yang otonom, maka secara hukum bidang Kelautan dan Perikanan Kabupaten Boalemo dibentuk menjadi salah satu dinas dan sudah diatur berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Boalemo Nomor 41 Tahun 2009 tentang Perubahan Atas Peraturan Daerah Kabupaten Boalemo antara Bupati dan Dewan Perwakilan Daerah Nomor 5 Tahun 2002 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Kelautan dan Perikanan Kabupaten Boalemo.
Berdasarkan Peraturan Bupati Boalemo Nomor 47 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Dinas Kelautan dan Perikanan, diuraikan bahwah tugas pokok Dinas Kelautan dan Perikanan Kabupaten Boalemo adalah melaksanakan urusan pemerintahan daerah yang menjadi kewenangan pemerintah Kabupaten Boalemo dibidang kelautan dan perikanan berdasarkan peraturan perundang-undangan serta potensi dan karakteristik yang dimiliki. Sedangkan untuk menyelenggarakan tugas pokok tersebut diatas, dinas melaksanakan fungsi sebagai berikut :
- Penyiapan bahan perumusan, pelaksanaan dan evaluasi kebijakan teknis dibidang kelautan dan perikanan;
- Penyiapan bahan penyusunan rencana dan program dibidang pengelolaan perikanan budidaya, pengelolaan perikanan tangkap, program pengawasan sumber daya kelautan dan perikanan dan program pengolahan dan pemasaran hasil perikanan;
- Penyiapan bahan bimbingan dan pengendalian teknis terhadap kegiatan TPI dalam lingkup tugas dinas;
- Penyiapan bahan bimbingan dan pengendalian teknis pengumpulan dan pengelolaan informasi data kelautan dan perikanan serta memberikan laporan;
- Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Bupati sesuai dengan tugas dan fungsinya.
- a. Kepala Dinas
- b. Sekretariat yang dipimpin oleh seorang Sekretaris Dinas dan membawahi :
- 1. Sub. Bagian Umum dan Keuangan;
- 2. Sub. Bagian Penyusunan Program dan Kepegawaian.
- c. Bidang Perikanan Tangkap yang dipimpin oleh seorang kepala bidang dan membawahi :
- 1. Seksi Sarana dan Prasarana Perikanan Tangkap;
- 2. Seksi Kenelayanan;
- 3. Seksi Usaha Kelautan dan Perikanan Tangkap.
- d. Bidang Perikanan Budidaya yang dipimpin oleh seorang kepala bidang dan membawahi :
- 1. Seksi Sarana dan Prasarana Perikanan Budidaya;
- 2. Seksi Perbenihan;
- 3. Seksi Usaha Kelautan dan Perikanan Budidaya.
- e.Bidang Bina Mutu yang dipimpin oleh seorang kepala bidang dan membawahi :
- 1. Seksi Pengolahan Hasil Perikanan;
- 2. Seksi Pemasaran Hasil Perikanan; dan
- 3. Seksi Perizinan dan Retribusi.